Hiện tại, mặt bằng kiến trúc của Khu Di tích bao gồm: 2 sân gạch rộng, đình chính hình chữ công, gồm đại đình, phương đình và hậu cung, hai bên nhà phương đình có 2 dãy dải vũ chạy song song, phía sau là chùa Thanh Am.
Đình có quy mô kiến trúc khá lớn, tòa đại đình xây gạch, 4 mái lợp ngói mũi hài với các góc đao cong; chính giữa bờ nóc đắp đôi rồng lớn chầu hổ phù đội mặt trời lửa; bên trong chia thành 5 gian, 2 chái, 6 hàng chân, bố trí không đều nhau: gian giữa lớn nhất thể hiện sự tôn kính và để thực hiện các nghi lễ thờ Thành hoàng làng. Các gian bên được tôn nền cao hơn 30cm làm nơi sinh hoạt cộng đồng của các giáp mỗi khi có việc làng. Bộ khung nhà làm bằng gỗ lim, với 6 bộ vì chính và hệ thống xà, kẻ đỡ các mái hồi; các bộ vì được làm thống nhất, có kết cấu kiểu chồng rường giá chiêng, vì nách (cốn) theo kiểu chồng rường, rồi tới hệ thống kẻ hiên. Đỡ các câu đầu của các vì là các đầu dư chạm hình đầu rồng. Từng bộ vì nóc được tỳ lên trên 2 cột cái (có đường kính khoảng 0,57m, cao khoảng 5m), đường kính cột quân 0,44m và cột hiên là 0,35m. Liên kết các vì là hệ thống xà đai thượng, xà đai hạ chạy khắp các gian.
Nằm giữa đại đình và hậu cung là phương đình xây kiểu 2 tầng 8 mái, góc đao uốn cong, trên đầu kìm và bờ nóc đắp nổi các đầu rồng trang trí bằng vôi vữa; phương đình được xây tường gạch kín 2 bên, bộ khung đỡ mái gồm các cột trốn đặt trên 2 thanh xà ngang, gác trực tiếp lên tường bao.
Hậu cung là một nếp nhà ngang 3 gian, cao và hẹp lòng; bộ khung đỡ mái gồm 4 bộ vì được làm theo kiểu chồng rường liên kết với kẻ kiên; bên trong lòng nhà xây bệ gạch cao, trên đặt Long ngai, bài vị thờ Thành hoàng làng.
Trang trí trên kiến trúc tập trung ở tòa đại đình: trên các thanh rường chạm hình hoa lá, văn mây bằng kỹ thuật chạm nổi; đầu kẻ chạm nổi hình rồng, đầu dư chạm hình đầu rồng bằng kỹ thuật lộng nhiều lớp. Đáng chú ý là trên vì nách (cốn) của 2 bộ vì gian giữa đã xếp các thanh rường chồng khít lên nhau tạo thành dạng cốn mê, trên bề mặt các bức cốn này chạm khắc các đề tài truyền thống như tứ linh: long - ly - quy - phượng; tứ quý: thông - cúc - trúc - mai.
Đình Thanh Am được xây dựng từ sớm, hiện còn lưu giữ được nhiều đạo sắc, trong đó đạo sắc sớm nhất có Niên hiệu Vĩnh Khánh năm thứ 2 (1730).
Đình Thanh Am (Ảnh: TL)
Ngoài thờ 2 vợ chồng Đào Kỳ - Phương Dung, nhân vật lịch sử thứ ba được thờ trong đình Thanh Am là Trình Quốc Công Nguyễn Bỉnh Khiêm (còn gọi là Trạng Trình), một Danh nhân văn hóa lớn của đất nước thế kỷ XVI. Nguyễn Bỉnh Khiêm tức Văn Đạt, tự là Hành Phủ, hiệu Bạch Vân Tiên sinh và Tuyết Giang Phu tử, quê ở làng Trung Am, huyện Vĩnh Lại (nay là Vĩnh Bảo, Hải Phòng). Ông sinh năm 1491, mất năm 1585, thọ 95 tuổi.
Thuở nhỏ, Nguyễn Bỉnh Khiêm có tiếng là thông minh, sớm được mẹ dạy thơ Quốc âm, lớn lên theo học Bảng nhãn Lương Đắc Bằng. Tương truyền, Lương Đắc Bằng là một người giỏi lý học đã đem sách Thái Ất thần Kinh truyền cho học trò của mình. Sinh ra và lớn lên vào lúc nhà Lê Sơ suy yếu, nhà Mạc lên ngôi nên ông không nuôi chí làm quan thời loạn. Tuy tài cao, học giỏi, nhưng mãi đến năm 1535 khi đã 45 tuổi, Nguyễn Bỉnh Khiêm mới đi thi lần đầu và đỗ Trạng Nguyên. Sau khi đỗ đạt, Nguyễn Bỉnh Khiêm làm quan đến chức Bộ Lại thị lang kiêm Đông các Đại học sĩ. Ở triều 8 năm, với mong muốn góp phần sửa sang lại rường mối, đem lại hạnh phúc cho nhân dân, Trạng Trình đã dâng sớ hạch tội 18 kẻ lộng thần. Không được Vua Mạc chấp thuận, Nguyễn Bỉnh Khiêm cáo quan trí sỹ, lúc 53 tuổi. Tuy đã từ quan, song ông vẫn quan tâm đến tình hình đất nước, mỗi khi quốc gia hữu sự, Triều đình lại mời ra giúp nước. Chính vì vậy, khi đã không làm quan, nhưng nhà Mạc vẫn thăng chức Thái phó, cực phẩm trong triều, sau lại phong tước Quốc Công, do vậy, người đương thời vẫn gọi Nguyễn Bỉnh Khiêm một cách trân trọng là cụ Trạng Trình Quốc Công.
Sau khi từ bỏ quan cao, tước cao, Nguyễn Bỉnh Khiêm mở trường dạy học và đã đào tạo nên nhiều nhân tài cho đất nước. Trong số các học trò của ông, Trạng Bùng Phùng Khắc Khoan, Thượng thư Lương Hữu Khánh, Cử nhân Nguyễn Dữ - tác giả tập truyện "Truyền kỳ mạn lục", Trường Tuân, Nguyễn Quyên là những người nổi danh hơn cả.
Là người tài cao, học rộng, chán cảnh chính sự rối ren nên Trạng Trình lấy việc đi thăm cảnh đẹp non sông, đất nước, ngâm vịnh... làm vui. Về thơ văn, Nguyễn Bỉnh Khiêm có hàng ngàn bài thơ chữ Hán và mấy trăm bài thơ Quốc âm lưu hành ở đời. Thơ của ông toát lên ý thanh cao của tâm hồn yêu nước, thương dân.
Bên cạnh sự nghiệp văn chương, Nguyễn Bỉnh Khiêm còn chuyên tâm nghiên cứu về Kinh dịch và Thái Ất thần Kinh, nghĩa là nghiên cứu về tư tưởng triết học cổ đại. Trên lĩnh vực này, Trạng Trình đã đạt tới đỉnh cao khiến cho tầng lớp trí thức đương thời phải ca ngợi là "hai nước anh hùng không đối thủ" và chính Chu Xán - một sứ giả của nhà Minh đã phải công nhận tiếng tăm của Trình Quốc Công vang lừng tận Bắc quốc. Qua một số giai thoại về việc Nguyễn Bỉnh Khiêm khuyên Nguyễn Hoàng vào Thuận Hóa "hoành Sơn nhất đới, vạn đại dung thân" và Trịnh Kiểm nên lấy nghĩa tôn phù nhà Lê “thờ Phật được ăn oản"... đã cho thấy nhãn quan chính trị đặc biệt của ông "Sấm Trạng Trình", có ý nghĩa như những lời tiên tri với xã hội lúc bấy giờ.
Ngày nay, sự nghiệp thơ ca và sáng tác của Nguyễn Bỉnh Khiêm còn để lại khá nhiều tác phẩm nổi tiếng: Trình Quốc Công Bạch Vân am tiên sinh thi tập; Trình Quốc Công Bạch Vân thi tập; Trình Quốc Công Nguyễn Bỉnh Khiêm thi tập; Trình Quốc Công sấm ký; Trình Tiên sinh quốc ngữ.
Giá trị lịch sử của Di tích đình Thanh Am được nhân lên bởi sự có mặt của Trình Quốc Công Nguyễn Bỉnh Khiêm trong tư cách là Thành hoàng làng được thờ ở đình. Tới nay, hàng năm, con cháu họ Nguyễn ở Thanh Am vẫn về Vĩnh Bảo, Hải Phòng để thăm lại dòng họ, cố hương. Nguyễn Bỉnh Khiêm là Danh nhân văn hóa lớn của dân tộc ta hồi thế kỷ XVI. Ông đã để lại cho đời một tấm gương tiết tháo của con người cương trực, vì nước, yêu dân. Đối với lịch sử dân tộc, Nguyễn Bỉnh Khiêm có những đóng góp lớn lao. Trường học của quan Trạng Trình Quốc Công đã tạo được nhiều nhân tài làm vẻ vang cho non sông đất nước. Nguyễn Bỉnh Khiêm thực sự có vị trí xứng đáng trong sự phát triển của văn hóa nước nhà.
Tháng 10-2006, quận Long Biên đã tổ chức hội thảo khoa học xác định giá trị và ý nghĩa của Di tích nhằm đưa ra qui hoạch tổng thể tu bổ tôn tạo cho Di tích này. Hiện tại Di tích đang được trùng tu với qui mô lớn, trả lại nét cổ kính vốn có của nó, xứng đáng với tầm vóc của các nhân vật được thờ là Đào Kỳ - Phương Dung và Trình Quốc Công Nguyễn Bỉnh Khiêm.