Chùa Mai Phúc tọa lạc trên vùng đất cổ, gọi là Mai Động Trang, đời Hồng Đức (Lê Anh Tông) được cải tên là Mai Phúc. Đến thời Nguyễn, thôn Mai Phúc được gọi là xã Hàm Nhất, thuộc tổng Gia Thụy, huyện Gia Lâm, phủ Thuận Thành, tỉnh Bắc Ninh. Thời Lê gọi là trấn Kinh Bắc. Sau Cách mạng tháng Tám năm 1945, Mai Phúc thuộc quận 8, thành phố Hà Nội. Đến năm 1961, là thôn của xã Gia Thụy, ngoại thành Hà Nội. Đến năm 2003, Mai Phúc thuộc phường Phúc Đồng, quận Long Biên, nội thành Hà Nội.
Chùa Mai Phúc tọa lạc trong một khu đất rộng, thoáng đãng, có ao trước cổng nằm trước sân chùa, có những cây cổ thụ bao bọc xung quanh. Căn cứ vào tấm bia “Minh Tông tự bi ký” niên hiệu Vĩnh Trị thứ 4 (1679) do Thiên thư Hải đường Đặng kinh Tiểu sinh Trần Đặng Tướng soạn, hiện còn lưu giữ cho biết, nhà sư trụ trì chùa tên là Nguyễn Thị Kim Thịnh, tự Pháp Thịnh đã xây dựng chùa cùng với nhân dân địa phương. Như thế, có thể đoán định chùa Mai Phúc được dựng vào thế kỷ XVII.
Do nhiều biến động lịch sử, đặc biệt là do chiến tranh, nên ngôi chùa cũ không còn nữa. Diện mạo kiến trúc hiện nay của chùa có niên đại vào khoảng thế ký XIX, nhiều hạng mục được trùng tu ở thế kỷ thứ XX. Mặc dù vậy, chùa Mai Phúc vẫn được xem là một ngôi chùa khang trang trong những ngôi chùa ở quận Long Biên ngày nay.
Căn cứ vào quả chuông “Minh Tông tự chung” treo phía bên phải chùa thì chuông có niên hiệu Thiệu Trị nguyên niên (1841), lúc đó, chùa Minh Tông thuộc xã Mai Phúc, tổng Gia Thụy là một ngôi chùa có tiếng của một vùng. Công đức bia đá dựng cạnh khu đất trống, khách thập phương quyên góp cúng dân tiền, vật làm mới gác chuông, lập lại Trung đường và thêm được 80kg đồng nữa để đúc chuông. Đây là một di vật quý giá để lại cho chúng ta đến ngày nay và con cháu mai sau.
Chùa Mai Phúc cũng như bao ngôi chùa khác ở làng xã Việt Nam, từ ngoài vào các các hạng mục, bao gồm: Tam quan, khu chùa chính, Nhà Tổ, Nhà Mẫu, nhà Tăng, nhà khách, nhà bếp và vườn tháp… được xây dựng nối tiếp nhau thành một quần thể kiến trúc hài hòa. Chùa chính nhìn về hướng Tây- Nam, nằm trên một gò đất, kiến trúc hình chữ Đinh với 2 phần Tiền đường và Thượng điện. Tiền đường có 5 gian 2 dĩ, hẹp, hiên khá rộng, được làm kiểu đầu hồi bít đốc tay ngai, với 6 khung vì, mỗi vì có 2 cột đón quá giang, phía sau gối tường không làm cột, 6 cột tiền nhỏ làm vuông soi gờ bao trơn, đó là sản phẩm của cuối thế kỷ XIX đầu thế kỷ XX. Cột hiên gắn với cửa bức bàn bưng kín. Các bộ vì được thiết kế giống nhau: quá giang gối lên 2 cột phần giữa đội trụ đỡ gánh “thượng lương” bụng thượng lương được ghi dựng năm Tự Đức thứ 32 (1879), kiến trúc này chủ yếu bào trơn đóng bén có gờ soi, phần chạm trổ chỉ thể hiện ở đầu thân kẻ hiên dưới hình thức chạm bong kênh long hóa Rồng, tùng, cúc, trúc, mai, điểm xuyến các hình triện và cúc dây đan xen vào nhau làm nền cho bầu rượu, hòm thư, kiếm. Mỗi đề tài đều có ý nghĩa riêng. Đây là tác phẩm nghệ thuật điêu khắc khá tỉ mỉ và trau chuốt, nét đục chạm khỏe khoắn và tinh tế thuộc truyền thống tạo hình nghệ thuật của người Việt xưa, phần nào nghệ nhân đã gửi gắm được tình cảm vào tác phẩm của mình. Nhìn chung, đề tài trang trí chủ đạo được bố cục đơn giản, mang phong cách nghệ thuật thế kỷ XIX- XX. Chùa Mai Phúc có các hệ thống tượng: Phật Tổ Như Lai, A Di Đà, Di Lặc, Tam thế, A Nan, Ca Diếp, tòa Cửu Long Thích Ca cơ sinh, Đức chúa Ông, Thánh Tăng… Đó là những pho tượng được tạc trau chuốt tỉ mỉ, tinh tế, với những đường vân xoắn mềm mại nhưng rất khỏe khoắn. Bộ tượng Tam thế Phật được tạo tác bằng gỗ, cao 87cm, có hình dáng ngồi kiết già giống nhau. Thể hiện cho 3.000 vị Phật ở 3 thời: quá khứ, hiện tại và vị lai. Tượng có nhục kháo nổi ở đỉnh đầu, tóc xoắn. Đây là nhóm tượng có bố cục cân đối, có thể mang dấu ấn nghệ thuật cuối thế kỷ XVII, đầu thế kỷ XVIII, là một bộ di vật có giá trị trong chùa.
Bộ tượng tòa Cửu Long Thích Ca sơ sinh được đúc bằng đồng, kỹ thuật đúc khá tinh xảo, với 9 con Rồng chầu vào nhau mang phong cách nghệ thuật của thế kỷ XX.
Ngoài ra, ở chùa Mai Phúc còn lưu giữ được khá nhiều di vật có giá trị lịch sử văn hóa, như: 2 tấm bia đá, trong đó, có tấm bia mang niên đại (1679), 3 chuông đồng ghi nội dung công đức và xây dựng chùa, cùng với một hệ thống hoành phi, câu đối, y môn, cuốn thư, hương án, Long ngai, khám thờ…được chạm khắc đề tài tứ linh, tứ quý, Rồng chầu, Hổ phù…tất cả đều được tạo tác bằng gỗ và sơn son thếp vàng, đã làm tăng thêm sự trang nghiêm, lộng lẫy của ngôi chùa thờ Phật. Những năm gần đây, nhất là năm 1996, nhiều đơn nguyên kiến trúc nhà khác đã được khôi phục lại. Đến năm 2001, dựng lại Nhà Mẫu và Nhà Tổ, nhưng kiến trúc vẫn giữ được dáng dấp cổ truyền. Bên cạnh giá trị lịch sử, kiến trúc, nghệ thuật, chùa Mai Phúc còn là nơi diễn ra những sự kiện cách mạng kháng chiến, là cơ sở hoạt động của các cán bộ quân báo theo dõi sân bay Gia Lâm từ năm 1947 đến năm 1951. Vào giáp Tết Đinh Dậu (1957), tại di tích đã vinh dự được đón Bác Hồ đến thắp hương, khi Bác về thăm địa phương (lúc này còn gọi là xã Tiến Bộ). Bác đã đi xem nhân dân chuẩn bị sắm Tết, tỏ ý vui lòng với thành tích mà nhân dân đã đạt được.
Di tích chùa cùng với đình Mai Phúc, đình, chùa Sài Đồng đã tạo ra một quần thể di tích hấp dẫn thu hút khách đến tham quan và nghiên cứu về các lĩnh vực văn hóa, kinh tế, xã hội cùng với nghệ thuật điêu khắc nghệ thuật của một vùng đất Kinh Bắc xưa. Chùa đã được Bộ Văn hóa – Thông tin công nhận xếp hạng di tích lịch sử văn hóa – kiến trúc nghệ thuật năm 1992.