Sự cổ kính và hoành tráng của Đông Linh tự chỉ còn lại ít nhiều trên các tấm bia đá và đặc biệt là quả chuông được chế đúc dưới thời Tây Sơn, niên hiệu Cảnh Thịnh thứ nhất (1793) và bia Hậu Phật có niên hiệu Gia Long thứ hai (1803).
Nằm kề phía sau đình Thanh Am thuộc tổ 24, phường Thượng Thanh, chùa Thanh Am tên chữ là “Đông Linh tự” (Chùa Đông Linh), trước đây có quy mô kiến trúc lớn và nằm cách đình khoảng 500m về hướng Nam. Theo Bài minh Tạo trú hồng chung (chế đúc chuông lớn) hiện còn ghi trên quả chuông đồng mang niên hiệu Cảnh Thịnh nguyên niên (1793) thì chùa vốn là danh thắng nổi tiếng thời bấy giờ.
Do binh biến, năm Đinh Mùi (1787) đã phá hủy mất ngôi chùa nên ngày lành tháng 9 năm Quý Sửu (1793), dân làng mới mở hội kêu gọi góp tiền của khởi công đúc chuông. Ngoài người bản quán, trên chuông còn ghi công đức của một số tướng lĩnh và chỉ huy của một đơn vị quân Tây Sơn là “Thập dũng trung quân đạo thiên hùng vệ” như Đô đốc Đặng Lộc Hầu, quan Chưởng cơ Trí Lược Hầu, Chưởng cơ Xuyến Vũ Hầu… Đến năm Tự Đức thứ 12 (1859), dân làng lại đúc quả chuông đồng lớn “Thanh Am tự chung” (Chuông chùa Thanh Am).
Qua 2 lần đúc chuông và những đoạn ghi chép về chùa cổ Đông Linh cùng các tư liệu thành văn như bia đá, minh chuông, đã phần nào cho thấy quy mô to lớn của ti tích trước đây. Sau này, do sự tàn phá của thiên nhiên và những biến động xã hội, chùa được chuyển về vị trí phía sau đình. Lúc đó, kiến trúc chủ yếu của chùa là một dãy nhà 3 gian, bên trong xây những bệ gạch cao làm nơi tạo lạc của các vị Phật, Bồ Tát, Thánh Mẫu. Vào những năm 1998-2000, chính quyền và nhân dân địa phương đã cho chuyển chùa sang vị trí hiện nay (bên trái đình), với kiến trúc chùa chính 5 gian và Nhà thờ Tổ.
Có lẽ do nhiều nguyên nhân nên tượng tròn của chùa Đông Linh hiện nay không đầy đủ như tượng Phật điện của các di tích đồng loại hiện còn. Tượng ở chùa có kích thước vừa phải, niên đại tạo tác vào đầu thế kỷ XIX, song một số pho vẫn có giá trị văn hóa nghệ thuật đáng kể trong dòng điêu khắc tôn giáo truyền thống của dân tộc. Hiện nay, chùa đã được bổ sung một số tượng mới, các pho cũ đã được sơn thếp lại.
Bệ thờ gian giữa được chia làm nhiều bậc, cao dần từ ngoài vào, trên cùng là lớp tượng Tam thế, tiếp đến là tượng A Di Đà, rồi bộ tượng Thích Ca sơ sinh đứng trên tòa sen, hai bên có Phạm Thiên và Đế Thích, lớp dưới cùng là hai vị Thánh Mẫu của tín ngưỡng dân gian truyền thống Việt Nam. Ở 2 gian bên có các tượng Thánh Tăng, Đức Ông, Bồ Tát và chân dung vị sư Tổ.
Tuy không còn bảo lưu được kiến trúc như buổi ban đầu khởi dựng, nhưng những di vật hiện còn tại di tích như chuông đồng, bia đá, tượng tròn là những cổ vật có giá trị trong kho tàng di sản văn hóa nước nhà. Dựa theo phong cách nghệ thuật và kỹ thuật tạo tác có thể thấy, trong số 11 pho tượng cũ của chùa thì có 10 pho mang niên đại thế kỷ XIX; pho tượng A Di Đà được làm to hơn cả. Đây là tác phẩm điêu khắc khá hoàn chỉnh của nghệ thuật thời Nguyễn. Chuông đồng “Tạo trú hồng chung” (Tạo đúc chuông lớn) năm Cảnh Thịnh nguyên niên (1793) cao 0,82m, đường kính miệng 0,57m, chu vi 1,55m, mặt chuông chia làm 5 ô, có khắc Bài ký dài, ghi lại việc đúc chuông, những người công đức và các vần thơ ca ngợi cảnh đẹp của làng Hoa Am. Trên quả chuông này còn ghi lại danh sách các vị công đức thuộc Thập dũng trung quân đạo Thiên Hùng vệ như Quan đô đốc Đặng Lộc Hầu, quan Chưởng cơ Trí Lược Hầu, Chưởng cơ Xuyến Vũ Hầu, Trung úy Luân lễ Bá, Chưởng cơ Phương Tương Hầu, Khai cơ Khương Vũ Hầu, Thiếu khanh Nguyễn Vũ Tuấn, ông Tuần Mại… Đây là danh hiển của một đơn vị quân đội thời Tây Sơn và là nguồn tư liệu quý góp phần nghiên cứu, tìm hiểu về một khía cạnh thuộc tổ chức quân đội của vương triều này. Song, từ đó cũng đặt ra cho chúng ta một dấu hỏi lịch sử: cũng như nhiều chùa khác, vì sao nhiều tướng lĩnh Tây Sơn (sau thời Quang Trung) đã chú tâm đóng góp cho chùa!
Nằm ở bờ Nam sông Đuống, gần Quốc lộ 1, cách trung tâm Thủ đô trên 10km về phía Bắc, chùa Thanh Am hiện nay thuộc phường Thượng Thanh, quận Long Biên. Nếu đi từ trung tâm Thủ đô trên 10km về phía Bắc, chùa Thanh Am hiện nay thuộc phường Thượng Thanh, quận Long Biên. Nếu đi từ Trung tâm thành phố Hà Nội qua cầu Chương Dương, cùng với đình làng, chùa Thanh Am trở thành vị trí thăm quan đầu tiên trong tuyến thăm di tích Cổ Loa.
Cụm di tích đình, chùa Thanh Am được Bộ Văn hóa – Thông tin xếp hạng di tích lịch sử văn hóa theo Quyết định số 34-VH/QĐ ngày 09/01/1990, hiện đang được chính quyền và nhân dân trong vùng quan tâm gìn giữ và là nơi thực hiện tín ngưỡng tâm linh, nơi thăm quan, nghiên cứu hấp dẫn của du khách đến với Long Biên.