Chùa Thổ Khối nằm trên một thế đất cao, quay hướng Tây. Người ta thường nghĩ phương Tây là miền cực lạc, nơi có Phật A Di Đà, cõi vô sinh vô diệt. Đặc biệt, hướng Tây là hướng hợp âm dương. Bởi lẽ hướng Tây mang yếu tố âm, mặt Thánh (dương), lưng Thánh là (âm) hướng về Đông (dương), hướng Bắc là âm, ứng với tay phải Thánh là dương, hướng Nam là dương, ứng với tay trái Thánh là âm. Tất cả các hướng đều thể hiện cho âm dương đối đãi để sinh sôi, phát triển.
Theo một số nhà phong thủy thì khu đất chùa còn tượng trưng cho đầu một con Rồng, dải đất xóm Tự Do dưới thân Rồng, để đối với ngôi đình, tạo thành biểu tượng lưỡng Long chầu nguyệt, mà mặt trăng là giếng đình. Còn một số nhận thức khác thì đình và chùa Thổ Khối là 2 gò má con Rồng, giếng đình và đầm đền Cây phía ngoài đê là mắt Rồng, thân đê là thân Rồng, dải đường xóm Tự Do trên và đê quai sau đình là đao Rồng. Như vậy, vị thế của ngôi đình được coi là rất đặc biệt và được nhìn là thế đất thiêng. Đôi câu đối tại hai trụ cột biểu trước tòa Tiền đường đã chứng minh cho điều đó:
Dũ khám Nhị Hà, Long hấp liên hoa phù bảo tòa,
Tường vũ ngọc tỉnh, Ngư du cụ diệp thính chân kinh.
Tạm dịch:
Bến cửa sông Nhị, Rồng ngửi hoa sen nâng tòa báu,
Quanh bờ giếng ngọc, Cá đùa cành lá ngộ chân kinh.
Hiện nay, chưa có tư liệu nào nói đến việc khởi dựng chùa Thổ Khối. Theo các nhà nghiên cứu thì tên gọi Sùng Phúc đã có từ khá sớm. Thổ Khối xưa kia đã có 5 gò cao như Gò Cát, Cầu Cao, Đồng Sơn, Đồng Dễ, Đồng Hột được coi là Ngũ Nhạc cũng thể hiện cho Ngũ hành tương sinh tạo nên một làng quê thịnh vượng. Đôi câu đối tại trụ biểu tòa Tiền đường có ghi lại:
Ngũ phong kinh pháp giới ngọc lộ hương kim quả hưởng cảnh ngưỡng sùng cương,
Nhị thủy tức tuệ lâm tường vân cái tuệ nhật phiên quang lung bảo tòa.
Tạm dịch:
Năm đỉnh tựa pháp giới bình ngọc tỏa hương thơm kết trái ngưỡng vọng cao,
Sông Nhị tức tuệ tâm tốt lành thay tuệ nhật xoay luồng ngóng tòa sen.
Vào những năm 80 của thế kỷ XX, chùa Thổ Khối bị mất một số pho tượng cổ, trong đó, có bộ tượng Tam thế, tượng Bồ Tát cưỡi trên lưng Trâu và đặc biệt là pho tượng Quan Âm Nam Hải. Theo các cụ kể lại thì pho tượng Quan Âm Nam Hải để chính giữa Thượng điện, có kích thước lớn nhất so với các pho tượng khác. Tượng Quan Âm Nam Hải thường thấy trong các ngôi chùa ven sông vì Quan Âm Nam Hải cứu độ cho các thương thuyền.
Tương truyền rằng, vào thời Lê có một người họ Đào người làng Thổ Khối, huyện Tống Sơn, phủ Thanh Hoa (Thanh Hóa) đến vùng bãi bồi này làm ăn sinh sống. ông có công giúp vua Lê thoát nạn, sau đó được triểu đình cho phép kiểm soát thuyền bè qua lại nơi đây. Nếu có bị vỡ đê, lũ lụt thì được phép viện binh cứu hộ từ Tuần Phủ Thái Bình đến Tuyên Quang. Sau khi ông mất, dân làng thờ ông làm Thành hoàng và được triều đình phong sắc.
Như vậy, Thổ Khối là một làng ven sông Hồng, có khả năng đầu tiên chùa chỉ thờ Quan Âm Nam Hải.
Về mặt kiến trúc, tòa Tam bảo có kết cấu hình chữ đinh. Phần Thượng điện đặt hệ thống tượng Phật. Không như những ngôi chùa khác, ở đây hai bên tường của chính điện được tạo các ô vòm để thờ Thập điện Diêm vương và phía sau cùng của Thượng điện vẫn tạo lối đi để làm nghi thức nhiễu Phật (chạy đàn).
Ngoài hệ thống chuông, khánh và bia đá, chùa còn lưu giữ rất nhiều hiện vật cổ như hệ thống hoành phi, câu đối miêu tả cảnh sắc nơi đây. Trong đó, có câu đối, đề:
Ngô hương thuận Gia Lâm thủ tẩu thự hoa thanh chấn,
Thiền quan khai phong thổ khối đảo bôi hồ nhãn chúng khoan.
Dịch nghĩa:
Gia Lâm chốn quê nhà tụ hội phồn vinh cây hoa tươi tốt,
Cửa thiền khai phong thổ mở cõi mênh mông vượt tầm nhìn.
Chùa Thổ Khối ngoài việc thờ Phật còn thờ Mẫu. Tòa Nhà Mẫu đặt ở phía tay trái của tòa Tam bảo cũng được xây dựng lại cùng thời với Gác chuông. Nơi đây thờ Tam tòa Thánh Mẫu, Tứ phủ Chầu bà, Tứ phủ Quan hoàng, Cô, Cậu, Động Sơn Trang và Đức Thánh Trần.
Chùa Thổ Khối được Bộ Văn hóa – Thông tin xếp hạng là di tích lịch sử văn hóa. Ngôi chùa tuy có quy mô vừa phải, nhưng nơi đây đã để lại cho người dân Thổ Khối khi đi xa vẫn nhớ về hình ảnh quê hương, về ngôi chùa tĩnh mịch với những tiếng chuông chiêu mộ sớm chiều. Dải dọc theo sông Hồng hoặc men đê xuôi về Bát Tràng, chùa Thổ Khối đã và đang là điểm dừng chân của du khách.