Thời Lê và đầu thời Nguyễn, nơi này là trang Nông Vụ Đông với tên gọi nôm là làng Vo Đông, xã Nông Vụ, huyện Gia Lâm, phủ Thuận Thành, trấn Kinh Bắc, tỉnh Bắc Ninh; về sau thuộc thôn Đông, xã Hội Xá, huyện Gia Lâm, thành phố Hà Nội. Từ năm 2004, di tích thuộc tổ 18, phường Phúc Lợi, quận Long Biên.
Buổi đầu, cư dân đến đây khai phá, sinh sống từ đời này truyền sang đời khác mà lập ra trang Nông Vụ. Theo dòng thời gian, trang ấp ngày một thịnh đạt, cư dân đông đúc dần, trang Nông Vụ phát triển thành 3 thôn: Thượng, Trung và Đông. Theo truyền thuyết ở địa phương thì ngay từ thời Hùng Vương thứ 6, tráng đinh của trang Nông Vụ đã gia nhập đoàn quân của người anh hùng làng Gióng đánh đuổi giặc ân. Đến thế kỷ VI, mảnh đất này đã có 3 vị dũng tướng tham gia cuộc đấu tranh chống giặc ngoại xâm do Lý Nam Đế lãnh đạo, góp phần xây dựng nên Nhà nước Vạn Xuân độc lập. Do có những công lao to lớn mà các vị đều được nhân dân phụng thờ làm Thành hoàng ở trong đình các thôn thuộc trang Nông Vụ.
Đến thời Lê Trung Hưng (thế kỷ XVII – XVIII), chúa Trịnh cho xây dựng hành cung tại Cổ Bi, sát phía nam của trang Nông Vụ nên nhiều quận chúa, cung phi, gia tộc trong phủ chúa đã về tham quan, vãn cảnh và bỏ tiền ra công đức để xây dựng, tu bổ những công trình kiến trúc nằm ở khu vực này, trong đó có chùa Nông Vụ Đông.
Cũng như bao ngôi chùa khác ở vùng đồng bằng Bắc Bộ, chùa Nông Vụ Đông được dựng để thờ Phật, một môn phái tôn giáo du nhập vào nước ta từ khá sớm và được phát triển qua các thời kỳ lịch sử nhằm đáp ứng nhu cầu sinh hoạt văn hóa, tín ngưỡng của nhân dân địa phương.
Theo văn bia hiện còn lưu giữ tại chùa thì dưới thời Lê Trung Hưng, chùa Nông Vụ Đông có tên chữ là Bảo Long tự (chùa Bảo Long) và do tọa lạc trên xứ đồng Long Khám mà chùa cũng còn có tên là Long Khám tự (chùa Long Khám). Sang thời Nguyễn, chùa bị xuống cấp nên đã được nhân dân thôn Nông Vụ Đông và thập phương hằng tâm, hằng sản công đức tu bổ nhiều lần.
Từ nhiều năm trước, chùa Nông Vụ Đông có quy mô kiến trúc lớn và được xây dựng sát bên cạnh đình Nông Vụ Đông. Chùa quay hướng nam, quy hoạch mặt bằng gồm: cổng chùa, giếng tròn, sân vuông, chùa chính, Tả, Hữu mạc, 2 am thờ nhỏ theo tín ngưỡng dân gian. Tam quan được xây 2 tầng với 4 mái đao cong, tầng dưới mở cửa vòm cuốn, tầng trên là gác chuông, trong treo quả chuông đồng lớn đề Bảo Long tự chung.
Chùa chính có mặt bằng kiến trúc hình chữ đinh gồm Tiền đường, Thiêu hương và Thượng điện. Giống như nhiều ngôi chùa khác được quy hoạch lại vào thời Nguyễn, Thiêu hương và Thượng điện là một nếp nhà dọc 4 gian nối liền với gian giữa của Tiền đường. Toàn bộ khu chùa chính được xây tường bao xung quanh tạo thành không gian khép kín riêng biệt cho một công trình di tích cổ.
Tiền đường là một nép nhà ngang xây kiểu tường hồi bít đốc tay ngai. Đầu 2 bức tường hồi được xây vượt ra khỏi diềm mái chừng 40cm nối với trụ biểu. Mái chùa lợp ngói mũi hài, bờ nóc, bờ giải đắp kiểu bờ đinh, chính giữa có bức phù điêu đề 3 chữ Hán lớn Tường Vân tập (nơi tụ tập của mây lành). Bộ khung Tiền đường có kết cấu vững chắc với 8 bộ vì làm theo kiểu “thượng chồng rường giá chiêng, hạ kẻ”. Mỗi vì gồm 4 hàng chân, mái phân thượng tứ hạ ngũ. phía trước có hiên rộng tương ứng với 7 khoảng hoành. Đỡ phần mái hiên là những kẻ cong dài ăn mộng qua đầu cột quân và cột hiên, nền nhà lát gạch Bát Tràng, sát tường hậu và 2 hồi có xây bệ gạch cao để đặt tượng thờ.
Các bộ vì Thượng điện có kết cấu “thượng chồng rường giá chiêng, hạ kẻ” . Mỗi vì có 2 hàng cột lớn, các xà lòng gối vào tường bao. Trong Thượng điện có xây một hệ thống bệ gạch cao dần từ ngoài vào làm nơi tọa lạc cho các bức tượng Phật.
Song song với Thượng điện là 2 dãy Tả, Hữu mạc có quy mô nhỏ, kiến trúc đơn giản kiểu tường hồi bít đốc, vì kèo quá giang. Phía trước có xây 2 am thờ nhỏ đặt trên trụ tròn cao khoảng 1,2m làm kiểu 2 tầng mái cong, phần cổ diêm giữa 2 mái trang trí bằng những mảnh sứ nhiều màu hình Long, Ly, Quy, Phượng.
Năm 2001, chùa Nông Vụ Đông được xây dựng mới với mặt bằng kiến trúc gồm: Tam quan, giếng tròn nhỏ trước sân gạch vuông rộng, Tam bảo và Nhà Mẫu.
Khác với đình làng, giá trị nghệ thuật của chùa Nông Vụ Đông được thể hiện tập trung qua hệ thống tượng tròn với số lượng tượng lớn, được sắp đặt hợp lý trên Phật điện và có niên đại trải dài qua nhiều thế kỷ. Toàn bộ hệ thống tượng của chùa (hơn 40 pho) được tạo tác tỷ mỉ, công phu, đầy tính sáng tạo nghệ thuật. Gây ấn tượng mạnh nhất là nhóm tượng mang niên đại Lê Trung Hưng: bộ tượng Tam thế, A Di Đà, Quan âm Chuẩn Đề, Ngọc Hoàng cùng Nam Tào, Bắc Đẩu, Thích Ca sơ sinh với vành Cửu Long, tượng Tuyết Sơn cùng nhiều tượng khác… Đặc biệt có tượng bà Trịnh Thị Ngọc Thuần – người có nhiều công đức đối với dân làng và với chùa đã được nhân dân bầu hậu. Ngoài ra, chùa còn có 3 pho tượng Tổ được tạc với nét chân dung nhân hậu cùng các tượng Thánh Mẫu mang vẻ đẹp dân dã, tràn đầy tính nhân đạo vẫn có của dân tộc, xứng đáng là một điểm sáng trong dòng chảy của nghệ thuật điêu khắc Phật giáo nước nhà.
Bên cạnh đó, ở chùa còn lưu giữ được một quả chuông đồng quý có niên đại Cảnh Thịnh rất có giá trị cùng nhiều đồ tế tự khác để phục vụ các hoạt động tín ngưỡng. Nhưng hiện vật quý trên đã cho thấy, chùa Nông Vụ Đông là một tài sản rất quý giá mà cha ông để lại cho con cháu. Chùa rất cần được trân trọng, giữ gìn để góp phần bảo tồn và phát huy những truyền thống văn hóa tốt đẹp của dân tộc. Năm 1995, đình – chùa Nông Vụ Đông đã được Bộ Văn hóa – Thông tin xếp hạng di tích lịch sử văn hóa.