Theo nguồn thư tịch cổ thì chùa Bảo Khám vốn là chốn danh lam cổ tích được ghi lại trong nội dung tấm bia “Bính Ngọ niên tạo” (tạo dựng năm Bính Ngọ) ngày tốt, tháng Chạp, niên hiệu Thành Thái thứ 8 (1896), trong đó có câu:
Thất trùng bảo thụ hoàng kim địa,
Cửu phẩm liên hoa bích Ngọc giang.
Nghĩa là:
Cây quý bảy tầng trồng ở đất hoàg kim
Hoa sen cửu phẩm biếc trên sông Ngọc.
Từ thời khởi dựng đến nay, chùa Bảo Khám đã trải qua nhiều lần trùng tu, sửa chữa, nhưng có lẽ lần trùng tu lớn nhất là vào năm Bính Ngọ (1896) đã được văn bia ghi lại: “Các vị kỳ tín, lý dịch cùng mọi người của thôn Trung, xã Nông Vụ, tổng Đặng Xá, huyện Gia Lâm dựng bia ghi việc năm nay dân thôn sửa chữa nhà Từ đường…”. Từ lần sửa chữa này, quy mô kiến trúc chính của ngôi chùa gần như được giữ nguyên vẹn đến ngày nay.
Được xây dựng trên một khu vực dân cư đông đảo, chùa và đình Vo Trung trở thành một địa chỉ văn hóa của nhân dân trong vùng. Chùa Bảo Khám tọa lạc trên một khu đất rộng, các công trình kiến trúc của chùa được tập trung trong một khoảng không gian thoáng đãng. Các bộ phận cấu thành di tích bao gồm: cổng nhỏ phía trước, sân gạch, vườn cây xanh, núi non bộ, gác chuông, toà Tam bảo, Nhà thờ Mẫu, Nhà thờ Tổ. Các bộ phận kiến trúc này được gắn kết chặt chẽ với nhau để tạo thành không gian riêng biệt nơi cửa thiền.
Chùa chính có quy mô kiến trúc kiểu chữ đinh, gồm Tiền đường và Thượng điện. Nhà Tiền đường có bố cục mặt bằng gồm 5 gian 2 dĩ, xây gạch kiểu tường hồi bít đốc tay ngai. Cấu trúc bộ khung gỗ của nhà Tiền đường được thi công bởi 2 hiệp thợ, 3 bộ vì kèo bên phải được kết cấu theo kiểu giá chiêng bào trơn kẻ soi, 3 bộ vì còn lại có kết cấu theo kiểu giá chiêng chồng rường con nhị được trang trí vân mây trông rất nhẹ nhàng. Mỗi bộ vì có kết cấu theo lối 4 chân cột. Toà Thượng điện gồm 3 gian 1 dĩ chạy dọc, nối vôi gian giữa nhà Tiền đường, gồm 5 bộ vì kèo kết cấu theo kiểu vì kèo quá giang, ván bưng bào trơn, đóng bén. Dưới câu đầu của các bộ vì được treo một loạt bức hoành phi, đại tự, bài thơ, cuốn thư sơn son thếp vàng đã tôn thêm sự trang nghiêm lộng lẫy cho Phật điện.
Nhà thờ Mẫu và Nhà thờ Tổ đều được cấu tạo theo kiểu kiến trúc đơn giản và bài trí nội thất tuân thủ theo nghi thức thờ tự vẫn thường gặp tại các di tích tôn giáo tín ngưỡng khác.
Đáng quan tâm nhất trong nội thất của chùa là hệ thống tượng Phật được sắp đặt cao dần trên tòa Thượng điện. Tại vị trí cao nhất, trang trọng nhất là ba pho tượng Tam thế, tượng trưng cho ba thời: quá khứ, hiện tại và vị lai. Các hàng tiếp theo là tượng Di Đà Tam tôn; Quan âm Thiên Thủ; tượng vua cha Ngọc Hoàng; Quan Thế âm – Đại Thế Chí Bồ Tát; Cửu Long – Thích Ca sơ sinh; 2 pho tượng Hộ pháp và ban thờ Đức ông – Thánh Tăng được bố trí hai bên tường hậu nhà Tiền tế. Toàn bộ hệ thống tượng tròn của chùa được tạo tác vào khoảng thế kỷ XIX, theo quy chuẩn của tượng Phật đương thời. Đây là những hiện vật quý mang lại giá trị nghệ thuật cho di tích. Bên cạnh những pho tượng Phật đạt giá trị nghệ thuật cao, tại Nhà thờ Mẫu còn lưu giữ một hệ thống các tượng có liên quan đến tục thờ Thánh Mẫu. Sự sinh động trên từng pho tượng này là những giá trị khá điển hình của nghệ thuật điêu khắc dân gian truyền thống. Đặc biệt, tượng Tổ của chùa là cụ Thích Đàm Dậu, quê ở làng Vạn Phúc, được thể hiện đầy chất chân dung, mang nét đẹp dân dã của đời thường.
Chùa Bảo Khám còn là nơi lưu giữ nhiều di vật quý như: bia đá, chuông đồng thời Nguyễn, có nội dung ghi việc tu bổ chùa và những người công đức. Các di vật điển hình được tạo tác bằng chất liệu gỗ, gồm: hoành phi, câu đối, bài thơ, hương án… chạm khắc các đề tài tứ linh, tứ quý mang đậm dấu ấn của nghệ thuật điêu khắc thời Nguyễn, thế kỷ XIX.
Tuy nhiên, cùng với thời gian và những tác động tiêu cực tất yếu của nền kinh tế thị trường trong quá trình đô thị hóa, hiện nay, hạng mục chùa chính đã bị xuống cấp nghiêm trọng, phần mái ngói xô, sụt gây dột, một số cột, hoành, xà mục mọt tiêu tâm, tường nứt yếu. Để tiến tới kỷ niệm 1000 năm Thăng Long – Hà Nội, hy vọng rằng chùa Bảo Khám sẽ được các cấp chính quyền cùng các ban, ngành chuyên môn quan tâm lập dự án quy hoạch tổng thể cho di tích. Quy hoạch này sẽ giúp cho việc bảo tồn, tôn tạo và phát huy giá trị di tích một cách hoàn chỉnh, với tư cách là một sản phẩm có giá trị phục vụ chiến lược phát triển ngành du lịch, góp phần thúc đẩy phát triển kinh tế – xã hội.
Sự hiện diện của chùa Bảo Khám, bên cạnh những giá trị làm phong phú thêm hệ thống các di tích lịch sử văn hóa trong khu vực còn giúp mọi người được biết thêm về sự tồn tại của làng cổ Vo Trung trong lòng khu đô thị mới – phường Phúc Lợi. Thông qua di tích này các nhà khoa học có thể nghiên cứu, tìm hiểu về quá khứ lịch sử, địa danh, tôn giáo, nghệ thuật, cùng nhiều phương diện khác trên đất Thăng Long – Hà Nội.